L’ENSV possède trois laboratoires de recherche, gérés chacun par un responsable de laboratoire et un conseil de laboratoire :
- Le laboratoire Santé et Production Animales « SPA » : agréé en 2006 et formé de 6 équipes de recherche.
- Le laboratoire Hygiène Alimentaire et Système Assurance Qualité « HASAQ » : agréé en 2011 et formé de 4 équipes de recherche.
- Laboratoire de la Gestion des Ressources Animales locales (GRAL) agrée en 2016 et formé de quatre équipes de recherche.